נוסח הפנים של מהדורת מפעל המקרא משקף את כתר ארם צובה, כתב היד החשוב ביותר של נוסח המסורה הטברני במסורת בן אשר. מתחת לו סדורים ארבעה אפראטים המביאים חילופי גרסאות מעדי הנוסח הקדומים:
(א) התרגומים העתיקים – תרגום השבעים ליוונית, הוולגטה ללטינית, הפשיטתא לסורית ותרגום יונתן לארמית.
(ב) מגילות מדבר יהודה וציטוטי המקרא בספרות חז"ל.
(ג) מבחר קטעי גניזה וכתבי יד עבריים 'חוץ-מסורתיים'.
(ד) כתבי יד של אסכולות מסרנים שונות של נוסח המסורה עד למהדורת מקראות גדולות של יעקב בן חיים.
